1928 metų liepos 2 d. gavo leidimą užsiimti medicinos praktika Lietuvoje. Taigi, Juozas baigęs medicinos studijas pradėjo dirbti Kauno dr. Jono Basanavičiaus karo ligoninės Chirurginiame skyriuje jaunesniojo ordinatoriaus pareigose, Rentgeno kabineto asistentu, o nuo 1929 09 10 Panevėžio apskrities ligoninės Chirurginiame skyriuje gydytoju volontieru, ambulatorijos vedėju. Tenka pažymėti, kad gyd. J. Vileišis KVDU Ausų, nosies ir gerklės (LOR) klinikoje tobulino šią specialybę iki 1939 m. (LCVA. F. 380, ap. 2, b. 433, l. 5, 14, 23, 24, 25).
Gyvenimas Panevėžyje. Sanitarijos komisijos pirmininkas
Kas paskatino 1929 metų rudenį gyd. Juozą Vileišį atvykti į Panevėžį ir dirbti ligoninėje? Manau tai, kad Panevėžio apskrities ligoninė buvo moderniausia šiaurės Lietuvos regione, buvo sudarytos sąlygos stažuotėms užsienyje, ruoštis doktorantūros egzaminams ir kt.
Panevėžio miestas buvo pažįstamas, nes gana dažnai darbo reikalais lankė medicinos įstaigas, turėjo pažįstamų medikų, be to, tėviškė, Medinių kaimas, Pasvalio kraštas ranka pasiekiamas. Pavyzdžiui, gyd. J. Vileišis darbo reikalais dirbo Panevėžyje 1928 09 17 – 30 ir 10 – 11 – 13, 1929 01 11 – 13, kaip LOR ir vidaus ligų specialistas naujokų ėmimo komisijoje (LCVA. F. 930, ap. 5, b. 3017, l. 4 a.p.).