1925 07 01 Juozas Vileišis buvo mobilizuotas į Lietuvos kariuomenę ir paskirtas į 5-ąjį Didžiojo Lietuvos kunigaikščio Kęstučio pulką jaunesniuoju gydytoju. Laikinai ėjo vyr. sanitarijos karininko pareigas. 1926 01 01 J. Vileišis buvo paskirta į Karo aviacijos skyrių. Atestacijoje rašoma, kad leitenantas yra gerai išsilavinęs, doras ir teisingas, tvirtas ir padorus, gabumai geri, savo pareigas atlieka rūpestingai, tobulinasi medicinoje. Rekomenduota Vileišiui suteikti vyresniojo leitenanto laipsnį. 1928 metais Sanitarijos vyresniajam leitenantui J. Vileišiui Lietuvos Nepriklausomybės dešimtmečio proga įteiktas jubiliejinis medalis. Taip buvo išreikšta padėka už atliktas nuo 1926 iki 1928 metų Aviacijos vyresniojo gydytojo pareigas. 1928 10 01 buvo atleistas iš minėtų pareigų ir išbrauktas iš Aviacijos parko karininkų sąrašo. 1929 06 17 gyd. Juozas Vileišis įteikė prašymą LR prezidentui A. Smetonai, kad jį išleistų iš kariuomenės. 1929 07 01 gautas atsakymas, kad paleidžiamas iš kariuomenės į Sanitarijos tarnybos karininkų atsargą (LCVA. F. 930, ap. 5, b. 3017, l. 3, 3a, 4, 4a, 5, 5 a 15, 15 a.p., 20, 23, 26).
Apie Juozo Vileišio studijas LU medicinos fakultete ir gyd. darbą Kauno dr. J. Basanavičiaus karo ligoninėje rašoma fragmentiškai. Kaip jau buvo rašyta, Juozas Vileišis 1922 03 25 įstojo į LU Medicinos fakultetą ir tapo IV semestro studentu. 1925 06 18 gavo 10 semestrų įskaitą ir Medicinos kandidato liudijimą su teise laikyti Medicinos skyriaus baigiamuosius egzaminus. Dokumentą pasirašė prof. V. Lašas, prof. P. Raudonikis (LCVA. F. 930, ap. 5, b. 3017, l. 31).1928 06 16 išlaikė baigiamuosius egzaminus ir buvo išduotas laikinas pažymėjimas, kad suteiktas medicinos gydytojo laipsnis (LCVA. F. 380, ap. 2, b. 433, l. 27).