1920 metų pabaigoje Juozas Vileišis grįžo į Lietuvą. Buvo priimtas į darbą Užsienio reikalų ministeriją (URM). 1921 m. kovo 22 d. gavo Lietuvos Respublikos pasą Nr. 2407, kuris buvo įregistruotas Kauno miesto milicijos II nuovadoje.
Darbas Užsienio reikalų ministerijoje (URM)
Juozas Vileišis, po daugiau nei šešerių praleistų metų Rusijoje, skubėjo į Medinių kaimą, į tėvų sodybą. Jį pasitiko mama Rozalija, brolis Jonas, sesuo Agota. Kiek pabuvęs gimtinėje ir aplankęs tėvo kapavietę (mirė 1916), išskubėjo į Kauną. Jo laukė nauja diplomatinė tarnyba URM. 1921 metų birželio 23 d. Politikos departamento direktoriaus Broniaus Kazio Balučio įsakymu Nr. 105, tarnautojas J. Vileišis buvo paskirtas Rytų departamento sekretoriumi (mokėjo lietuvių, rusų, lenkų, prancūzų, vokiečių, latvių, ukrainiečių kalbas). LCVA išlikęs dokumentas tvirtina, kad Juozas URM dirbo atsakingą darbą. Pavyzdžiui, 1921 metų spalio 31 d. Lietuvos ambasados Maskvoje I-asis sekretorius Juozo Vileišio vardu išsiuntė į URM siuntinius su ,,brangumynais“. Siuntos buvo skirtos sekantiems asmenims: Bliumentaliui – sidabriniai daiktai, Ridzinskiui – brangumynai, Urniažui – dokumentai. M. Dudinskiui ir J. Vileišiui, Rytų departamento sekretoriui – du siuntinėliai (LCVA. F. 383, ap. 3, b. 139, l. 160). Prof. J. Aničas rašo, kad darbas URM buvo atsakingas ir nenormuotas, teko dirbti iki vėlumos. Tad po vienerių darbo metų, 1922 m. liepos 1 d. Juozas Vileišis URM tarnybos atsisakė, motyvuodamas, kad norintis tęsti medicinos studijas Lietuvos universitete (LU).