Sovietinė okupacija. Tremtis į Sibiro lagerius
Gražiausi gyd. Juozo Vileišio gyvenimo metai prabėgo Panevėžio mieste (1929 – 1941). Dirbo Panevėžio apskrities ligoninėje, ambulatorijoje, sukūrė šeimą, augino sūnų ir dukrą, šeimai pastatė mūro namą, aktyviai dalyvavo politinėje ir visuomeninėje veikloje, buvo Tautininkų sąjungos ir Šaulių sąjungos narys, Panevėžio miesto Tarybos narys, puoselėjo viltį ilgai šiame mieste gyventi. Ar išsipildė svajonės? 1941 metų birželio 14 d. buvo suimtas, atskirtas nuo šeimos ir išvežtas į Krasnojarsko lagerį. Žmona Aldona Antanaitytė-Vileišienė (1909 – 2002) su mažamečiais vaikais išsiųsta į Altajaus kraštą. 1941 metų rugsėjo 22 d. Panevėžio laikraštis ,,Panevėžietis” paskelbė išvežtųjų asmenų sąrašą į SSRS. Sąrašo Nr. 71 eilutėje įrašyta gyd. J. Vileišio šeima: Vileišis Juozas, 42 m., gydytojas, tautininkas, šaulys, žmona Aldona, 35 m., duktė Danutė, 9 m., sūnus Algimantas, 5 m., suimti 1941 m. birželio 14 d. Išvežti 1941 06 16. Gyveno Povilo Puzino g. Nr. 23 (,,Panevėžietis”, 1941 09 22, Nr. 11, p. 4). Gyd. J. Vileišio šeimos mūro namas buvo nusavintas ir įkurtos Panevėžio miesto sveikatos priežiūros tarnybos.
Juozas Vileišis, daugiau nei po dvidešimt metų (1941 06 14 – 1962 08 16) atskirtas nuo Lietuvos, prarado teisę grįžti į Panevėžį, į savo šeimos namus. Neteko teisės gyventi ir dirbti Lietuvos didžiuosiuose miestuose. Nuo 1965 metų Vileišių šeima gyveno Marijampolėje ( buvęs Kapsuko miestas). Gyd. J. Vileišis dirbo Marijampolės poliklinikoje, vienos įmonės medicinos punkto vedėju. Netikėtai pablogėjus sveikatai 1971 metų gruodžio 2 d. Juozo Vileišio širdis nustojo plakusi. Jam buvo 76-ri metai. Palaidotas Kauno Romainių kapinėse.