1918 m. kovo 18 d. Sankt-Peterburge, St. Šilingo bute, buvo naujai sušauktas Lietuvių karių komiteto susirinkimas, bet V. Natkevičius nebuvo išrinktas į valdybą.
1918 m. V. Natkevičius sugrįžo į Lietuvą. Dirbo Žemės ūkio ministerijoje. Buvo įgaliotinis Vilkaviškio apskričiai.
1918 m. rudenį savanoriu įstojo į Lietuvos kariuomenę. Tapo Krašto apsaugos ministerijos Literatūros skyriaus savanoriu korespondentu, rašė straipsnius karinėmis temomis, prisidėjo steigiant Pirmąjį artilerijos pulką. V.Natkevičius buvo paskirtas šio pulko adjutantu. Telkė karininkus ir karius, rūpinosi ginkluote, karių mokymu, dislokacija ir kt. Siekė įkurti raitelių šimtinės ,,Geležinis Vilkas“ pulką.
Tuo tikslu kaip Steigiamojo Seimo narys V. Natkevičius kreipėsi į Vyriausiąją kariuomenės vadovybę, prašydamas jam leisti organizuoti savanorių raitelių šimtines ir pavadinti ,,Geležinio Vilko“ šimtinės pulku. 1920 m. spalio 1 d. pradėta formuoti pirmoji raitelių šimtinė Panemunėje, vėliau Raudondvaryje. Vadovu tapo kpt. V. Natkevičius. Jaunuoliai buvo kviečiami stoti į raitelių pulką. Prie šio darbo prisidėjo poetai, dailininkai, kompozitoriai – jie kūrė eiles, plakatus, rašė karinius maršus. 1920 m. pabaigoje šimtinėje tarnavo 10 karininkų, 129 kareiviai, turėta 12 arklių.
Tačiau dėl labai didelio užimtumo Seime, dažnų kelionių į užsienį V. Natkevičiui teko palikti šį postą ir jį perleisti plk. J. Litvinui. Kpt. V. Natkevičius liko pulko vado padėjėju. 1920 m. pabaigoje Trečiajame raitelių ,,Geležinio Vilko“ pulke buvo: 11 karininkų, gydytojas, 2 karo valdininkai, 376 kariai. Jie turėjo 4 kulkosvaidžius, 150 šautuvų, 100 kardų, 169 arklius, 60 balnų ir kt. Rašoma, kad šis stiprus ir pajėgus kovoti pulkas gąsdino lenkų karius.
1919 m. rugpjūčio mėnesį Vladas buvo pakviestas dirbti į kariuomenės Generalinį štabą. 1919 m. lapkričio 18 d. V. Natkevičiui buvo suteiktas kapitono laipsnis. 1919 – 1920 m. jis buvo Lietuvos kariuomenės karo atstovas (attaché) Latvijoje ir Estijoje.
Prabėgus dvidešimčiai metų, 1917 – 1919 m. Lietuvių karių kovos nebuvo užmirštos. Jas prisiminė atsargos kapitonas dr. V. Natkevičius.
1937 m. rugsėjo 7– 8 d. Kaune vyko jubiliejinis Lietuvių karių 1917 – 1919 metų sąjūdžio Rusijoje dalyvių ir buvusių tautinių dalių karių suvažiavimas. Ar dalyvavo jubiliejiniame suvažiavime kpt. dr. V. Natkevičius?
Atsakymą radau jam atsiųstoje apklausoje ,,1917 – 19 mt. Tarnavusių rusų kariuomenės lietuvių tautinėse dalyse ir veikusių lietuvių Karių Sąjungoje (komitetų suvažiavimuose) Anketa“.
1937 m. rugpjūčio 2 d. dr. V. Natkevičius atsakė, kad iš Paryžiaus į suvažiavimą vargu ar galėtų atvažiuoti. 1937 m. Anketoje dr. V. Natkevičius pažymėjo, kad ,,Savanoriu Komisijos buvo nepripažintas“. Kodėl? Kokios priežastys? Teko ieškoti atsakymo.