1939 m. liepos 31 d. Kaune gimė dukra Beatričė. Tų metų rugpjūčio pradžioje dr. V. Natkevičius turėjo atostogų ir išskrido į Kauną pasveikinti žmonos ir dukrelės. 1939 metų gruodžio pabaigoje, pasitinkant Naujuosius metus, jie dukrelę Beatričę pakrikštijo. Dukros krikštatėviais buvo pakviesti garbūs žmonės – žurnalistas Valentinas Gustainis ir Lietuvos prezidento Antano Smetonos sūnaus Juliaus žmona Eugenija Birutė Smetonienė. Krikštynos ir vaišės buvo surengtos Prienuose, Gražinos Natkevičienės tėvo gydydojo J.Brundzos namuose. 1940 m. rugpjūtį buvo likviduota pasiuntinybė Maskvoje. Dr. V. Natkevičius su šeima grįžo į Lietuvą, gyveno gydytojo J. Brundzos namuose. 1940 m. lapkričio 30 d. ats. kpt. dr. V. Natkevičiui išduotoje paso kortelėje įklijuota asmens nuotrauka įrašyti šie duomenys: pavardė, vardas, tėvo vardas, gimimo data, asmens žymės (ūgis, akys, plaukai), užsiėmimas, tautybė, šeimos sudėtis ir kiti įrašyti duomenys.
1941 m. birželio 15 d. prasidėjo masinis Lietuvos žmonių trėmimas į Sibiro kalėjimus. Diplomatas dr. V. Natkevičius buvo suimtas, jam užvesta tardymo bylą Nr. 413/1773. Tačiau jis buvo greit paleistas. Bet 1941 m. birželio16 d. buvo sukurtas NKVD LSSR liaudies komisaro Gladkovo nutarimas areštui Natkevičiaus šeimą kaip socialiai pavojingą ištremti už LTSR ribų.
1940 -1944 m. dr. V. Natkevičius įsitraukė į LAF veiklą, buvo Politinės komisijos narys, dirbo Kauno draudimo valdyboje vyr. juriskonsultu, advokatu, dėstė Vilniaus universitete ( jam buvo suteiktas docento laipsnis). Kad turėtų teisę dirbti pedagoginį darbą, reikėjo pateikti aukštojo mokslo baigimo pažymėjimą. Jo Vladas neturėjo. Tad 1941 m. rugsėjo 26 d. parašė prašymą Švietimo valdybos tarėjui, kad pripažintų aukštojo mokslo teisių mokslo teisės ir teisių daktaro laipsnį.
Atsižvelgus į pateiktas studijų dokumentų kopijas prašymas buvo patenkintas – 1941 m. rugsėjo 28 d. dr. V. Natkevičiui buvo įteiktas aukštojo mokslo pažymėjimas Nr.1. Antspaudu ir parašu jį patvirtino švietimo generalinis tarėjas dr. P.Germantas. Dokumente rašoma: ,,Ladas Natkevičius laikomas turinčiu aukštojo teisių mokslo teises Lietuvoje“. 1941 m. spalio 3 d. Švietimo valdybos įgaliotinis V. Kasakaitis patvirtino parašu jo „ Paryžiaus universiteto teisių fakulteto valstybinio licenciato 1927 m. diplomą ir Paryžiaus universiteto Teisių fakulteto daktarato 1931 m. diplomą ir pripažino p. Natkevičiui Vladislovui visas Aukštojo mokslo teisių baigimo teises“.
LCVA Vilniaus universiteto (VU) fonde (R-856) aptikau dr. V. Natkevičiaus asmens bylą, kuri patvirtina, kad jis iš tiesų dirbo VU, gyveno Vilniuje, Rotundo g. 5 – 5. Jo žmona Gražina su dukrele gyveno Kaune. Kad dr. V. Natkevičius galėtų dėstyti VU, jam teko kreiptis į šios aukštosios mokyklos rektorių M. Biržišką. 1941 m. spalio 3 d. VU rektorius M. Biržiška prašė švietimo generalinio tarėjo, kad dr. V. Natkevičių priimtų VU Teisių mokslų fakulteto Darbo ir ūkio teisės katedrą eiti docento pareigas. 1942 m. sausio mėn. 30 d. rektorius M. Biržiška pranešė švietimo generaliniam tarėjui, kad dr. V. Natkevičius nuo 1942 m. vasario 15 d. laikinai paskirtas VU Teisių mokslų fakulteto Darbo ir ūkio teisės katedros docentu.