Diplomatas I. Jonynas vėliau rašys, kad darbas URM jam patiko, bet dėl dažnėjančių nesutarimų su ministru prof. Augustinu Voldemaru teko atsisakyti šių pareigų. Parašęs prašymą būti atleistas iš pareigų savo noru, 1929 m. sausio 1 d. URM paliko visam laikui.
Įgyta diplomatinė patirtis, pažintys su užsienio šalių diplomatais, akademine visuomene buvo tikras lobis naujajame darbe – Lietuvos universiteto (dabar Vytauto Didžiojo universitetas) Humanitarinių mokslų fakultete, o nuo 1940 m. ir Vilniaus universiteto Lietuvos istorijos katedroje.
Čia atsiskleidė I. Jonyno, kaip istoriko erudicija, mokslininko veikla (studijavo senąją Lietuvos istoriografiją), puikus organizacinis darbas Lietuvos istorijos katedroje (užsienio profesorių istorikų kvietimas skaityti paskaitų), studentų istorikų rengimas pedagoginei veiklai ( studentų istorikų būrelio veikla) ir kt. Dėstytojas studentams skaitė Rusijos, Lenkijos, Prancūzijos, Latvijos, Prūsijos istorijos kursus bei paskaitas ir seminarus iš Lietuvos istorijos iki XVII a.
I.Jonynas tęsė žurnalistinį darbą, kurį buvo pradėjęs 1905 m. Istorine tema straipsnius spausdino Lietuvos istorijos draugijos leidinyje ,,Praeitis“. Rašė straipsnius ,,Lietuviškai enciklopedijai“, dienraščiams ,,Lietuvos aidas“, ,,Tiesa“, žurnalams ,,Trimitas“, ,,Židinys“ ir kt. Paminėtini darbai: 1). ,,Lietuvos kunigaikštis Kęstutis“, 2). ,,Jogaila – Didysis Lietuvos kunigaikštis ir Lenkijos karalius“, 3). ,,Reikšminga sukaktis: Ukrainos susijungimo su Rusija 300 -osioms metinėms“, 4). ,,Apie totorių, lietuvių ir maskvėnų papročius“ ir kt.