Ir štai 1904 m., netikėtai sužinojęs apie duodamą stipendiją studijoms Maskvoje (carinė Rusija skyrė stipendiją tik Marijampolės ir Suvalkų gimnazistams, kurių atestate buvo lietuvių kalbos egzamino įvertinimas), išvyko į Rusiją. Įstojo į Maskvos universiteto istorijos fakultetą.
Dar studijų metais I. Jonynas, gavęs iš dr. Jono Šliūpo (JAV) lėšų, išvyko į Prancūziją gilinti prancūzų kalbos žinių. Grenoblio universitetas I. Jonynui suteikė prancūzų kalbos mokytojo kvalifikaciją.
1911 m. Maskvoje, išlaikius papildomus istorijos egzaminus, buvo suteikta istorijos mokytojo kvalifikaciją. Rusijoje dirbo mokytoju. Dėstė prancūzų, vokiečių kalbas, istoriją, sociologiją. Sukūrė šeimą. Vedė mokytoją Eleną Ustinovą.
Atėjo lemtinga 1918 m. vasario 16-oji, Lietuvos valstybės atkūrimo diena. Naujoji Lietuvos vyriausybė kvietė inteligentus grįžti iš užsienio į Lietuvą. Kvietimo sulaukė ir diplomuotas istorikas, pedagogas I. Jonynas. Atvyko į Vilnių. Gavo tarnybą Švietimo liaudies komisariate, Vilniaus lietuvių mergaičių gimnazijoje (vėliau tapo šios gimnazijos direktoriumi).
Vilnių okupavus lenkams, I. Jonynas išvyko į Kauną. Su žmona Elena ir trimis vaikais (dviem sūnumis ir dukra) gyveno Kaune iki pat savo mirties 1954 m.
I.Jonynui Kauno mieste prasidėjo naujas gyvenimo ir darbo etapas. Kaip gerą prancūzų kalbos žinovą, istoriką Lietuvos užsienio reikalų ministerijos (URM) administracija pakvietė eiti diplomato pareigų. Neatsisakė. Nuo 1922 iki 1929 m. sėkmingai ėjo URM atsakingas Teisių – administracijos, Politikos departamento direktoriaus pareigas (Tautų Sąjungos (T. S.) ir Lenkų departamento direktoriumi dirbo iki 1924 m. ). URM vyko intensyvus darbas. I. Jonynas dalyvavo T. S. Tarybos posėdžiuose Šveicarijoje, 1923 m. buvo Lietuvos delegacijos pirmininkas XI tarptautinėje Raudonojo Kryžiaus konferencijoje.