Dirbo karo sanitarijos valdyboje instruktoriumi, Kauno S. Daukanto mokytojų seminarijos fizinio lavinimo dėstytoju. Iki 1929 metų ėjo Kariuomenės fiziško lavinimo centro viršininko pareigas. Sporto organizacinis darbas sekėsi. Vadovavo Lietuvos sporto lygai, kordinavo visos Lietuvos sporto veiklą. 1928 metais buvo Lietuvos sportininkų delegacijos pirmininku Amsterdamo olimpinėse varžybose bei išrinktas pasaulio sporto medicinos gydytojų kongreso komiteto nariu. 1929 metais trejų metų darbo patirtį aprašė knygoje ,,Kariuomenės fiziškas auklėjimas“. 1930-aisiais išleido paskaitų rinkinį ,,Fiziškas lavinimas: paskaitos, skaitytos Vytauto Didžiojo metais kūno lavinimo ir medicinos kontrolės kursuose“, 1933 metais – ,,Sporūta: Kūno kultūros rūmų sporto talka“. Netrukus sukūrė fizinio auklėjimo draugiją bei ,, Sporūtos“ sportinį sąjūdį, 1931 m. pradėjo leisti ir redaguoti žurnalą ,,Fiziškas auklėjimas“, parengė Kūno kultūros įstatymo projektą. Parodė iniciatyvą statyti Kaune kūno kultūros rūmus, kurių 1932 m. buvo pirmasis direktorius. Prie naujai pastatytų rūmų įsteigė kūno kultūros kursus. Darbas darbą vijo. Kūno kultūros sporto tema publikavo straipsnius leidiniuose ,,Karys“, ,,Kūno kultūra ir sportas“, ,,Karo mokslo žurnalas“ ir kt. 1939 m. dirbo Vilniaus apskrities gydytoju.
Gražų ir kūrybingą dr. A. Jurgelionio darbą nutraukė prasidėjęs Antrasis pasaulinis karas, šalies politinės permainos.1943 m. pasitraukė į nuošalų Vėbrių kaimą, Rokiškio rajoną. Dirbo apylinkės gydytoju. Dviejų aukštų pastato pirmame aukšte buvo įrengta klinika, o antrame gyveno su šeima ir mama M. Jurgelioniene.