1937 m. dr. A. Juška apdovanotas Švedijos Karališkojo Antrojo laipsnio Vazos Kavalieriaus ordinu. 1939 m. – Prancūzijos Respublikos Tautinio Garbės Legiono Kavalieriaus ordinu. 1941 – 1944 m. Kauno universitete dirbo docentu. Be šių tiesioginių pareigų, A. Juška nuo 1936 m. buvo žurnalo ,,Mūsų Vilnius“ redaktorius, Vilniui vaduoti sąjungos sekretorius, Verslininkų sąjungos narys, Ugniagesių sąjungos garbės narys, Skautų Tarybos narys ir kt. 1940 m. vadovavo Tėvynės sąjungai, buvo aktyvus spaudos talkininkas.
Vokiečių okupacijos metais dr. A. Juška dirbo Švietimo ministerijos Aukštojo mokslo departamento direktoriumi. Aktyviai dalyvavo visuomeninėje veikloje. Už pogrindinės spaudos platinimą A. Juška buvo KGB sekamas. Dėl saugumo Juška su šeima (augo penki vaikai: Algimantas, Nijolė, Saulius, Danguolė, Aušra) buvo priverstas laikinai gyventi Ramygaloje. Dirbo Ramygalos vidurinėje mokykloje mokytoju. Tuo metu septynių asmenų šeimai mokytojo alga buvo vienintelis pragyvenimo šaltinis. Tačiau greitai neteko ir jo. 1945 m. dr. A. Juška buvo suimtas ir uždarytas Vilniaus Lukiškių kalėjime. Dėl mokslininko taikaus būdo, tolerancijos, byla nebuvo sudaryta, tačiau sėdėti kalėjime teko net devynis mėnesius. Vienoje kameroje buvo trys-keturi, o kartais ir dešimt kalinių. Su astronomu dr. A. Juška vienoje kameroje sėdėjo panevėžietis, būsimas dailės mokytojas, tapytojas, VU ir VDA studentas Kazys Naruševičius.
2001 m. kovo mėnesį kalbintas aštuoniasdešimtmetis dailininkas, Panevėžio garbės pilietis K. Naruševičius prisiminė gražų bendravimą su kaliniu, astronomu dr. A. Juška. Tada jaunuoliui paliko neišdildomą įspūdį astronomo pasakojimai apie Visatą, kosmosą, Saulės sistemą. Dailininkas sakė, kad kol bus gyvas, bus dėkingas A. Juškai už užtarimus jo asmeniui prieš kalėjimo viršininkus, už tvirtinimą, kad studentas Kazys Naruševičius be kaltės uždarytas Lukiškių kalėjime. Tik astronomo dėka, paskutinę išvežimo minutę, pasak dailininko K. Naruševičiaus, jis nebuvo pasmerktas mirčiai, nebuvo išvežtas į Sibirą. Apie 1947 m. Kazys Naruševičius ir dr. Antanas Juška buvo susitikę Vilniuje, svečiavosi astronomo bute, P.Cvirkos gatvėje. Pasak dailininko Kazio Naruševičiaus, A.Juška tada vertęs F. Stendalio knygą „Raudona ir juoda“, A.Ostrovskio ,,Bekraitę“.