Vytautas Čekanauskas gimė 1930 m. gegužės 13 d. Šiauliuose. 1949 m. baigęs dabartinę Šiaulių J. Janonio gimnaziją, įstojo į VDI (dabar Vilniaus dailės akademija) Architektūros fakultetą. 1949 – 1955 metai – studijų metai, bendraujant su kurso draugais: V. Brėdikiu, V. Dičiumi, V. Kazlausku, V. Žebriūnu, A. Mačiuliu, R. Urniežiu ir Olga Prokopovič-Gračiova. Tuo metu studentas Vytautas nesvarstė, kuris iš kurso draugų ateityje taps kūrybos bendraautoriumi, gerų bičiuliu. Gyvenimas parodė, kad daugiausia projektų buvo įgyvendinti drauge su arch. Vytautu Brėdikiu, o arch. Algimantas Mačiulis, pasitinkant V. Čekanausko gimimo 80-tį parašys ir išleis monografiją, kurią deja, jau prof. Vytautas Čekanauskas neišvydo… (Algimantas Mačiulis. Vytautas Edmundas Čekanauskas. Vilnius, VDA leidykla, 2011).
V. Čekanausko studijų laikotarpyje VDI Architektūros fakulteto dėstytojų pažiūros ir dėstomo dalyko principai buvo skirtingi. Tačiau specialybės dėstytojai – A. Tauras, E. Budreika, diplominio darbo vadovas V. Mikučianis ir kiti formavo stropaus ir gero studento pažiūras, pašaukimą ir talentą architekto raiškai. Dailininkas B. Motuza-Matuzevičius mokė akademinio piešinio, skatino piešti gamtoje, fiksuoti pastatų architektūrines detales. Čia Vytautas buvo nepralenkiamas, vietoj reikalaujamų 10 piešinių, pateikdavo 20 ezkizų, kurie iki šių dienų yra vertinami. Pomėgis piešti peraugo į kūrybos plotmę. Piešė ne tik bažnyčių varpines, kapinių vartus, liaudies architektūrą, pastatų interjerus, stebėjo ir vertino šviesos ir ritmo, estetikos sąsajas, bet gilinosi ir į žmogaus anatomijos pažinimo studijas.
1955 metais dvidešimt penkerių Vytautas drąsiai ir pasitikinčiai Valstybinei egzaminų komisijai pateikė projektinį darbą ,,Pramogų centro rūmai Palangoje“. Komisijos pirmininkas SSRS dailės akademijos Leningrado (Sankt Peterburgas) I. Repino tapybos, skulptūros ir architektūros instituto rektorius akademikas V. Tvelkmejeris įvertino diplominį darbą ketvertu (1 – 5 balų sistemos vertinimas). Studijos baigtos.