1919 metais kovojo generolo A. Denikino armijos dalinyje. Susidarius palankioms sąlygoms, nedelsdamas grįžo į Lietuvą. Kaip karininkas įstojo į Lietuvos savanorių kariuomenę, gavo Valstybės gynėjo padėjėjo tarnybą kariuomenės teisme.
Dalyvavo valstybės kaltintoju dėl ginkluotos lenkų karinės organizacijos POW sąmokslininkų byloje, už kurios sėkmingą vedimą jam 1921 m. buvo įteiktas valstybinis II rūšies 3-iojo laipsnio Vyčio kryžius. 1936 metais slapyvardžiu Juozas Rainys minėtos teismo bylos medžiagą apibendrinęs parengė leidinį ,, POW (Polska organizcja Wojskowa) Lietuvoje“, Kaunas, 1936.
Sėkmingai kopė karjeros laiptais: Krašto apsaugos juriskonsultas, ministro padėjėjas, Valstybės Tarybos narys, dirbo advokatu, dėstė teisės pagrindus Karo mokykloje ir kt. 1922 m. kapitonas J. Papečkys išleido knygą ,,Karo baudžiamasis statutas“, Kaunas, 1922. Dalyvavo Marijampolės poetų sueigos veikloje. 1924 m. sudarytoje knygoje ,,Sūduva. Suvalkiečių poezijos antalogija“, skirtoje V. Kudirkai atminti, spausdino pluoštą eilėraščių, Kaunas, 1924.
1926 m. Juozui Papečkiui buvo suteiktas pulkininko leitenanto laipsnis ir paskirtas Krašto apsaugos ministru (dirbo iki gruodžio mėn. pab.).