1855 m. baigęs studijas, 27-erių metų Petkevičius grįžta į Puziniškio dvarą ir pradeda verstis laisva gydytojo praktika. 1860 m. veda Malviną Chodakauskaitę (prezidentienės Smetonienės ir ministerienės Tūbelienės tėvo Antano Chodakausko seserį).
Begyvenant Puziniškio dvare, tarp girių ir pelkių, sulaukta ir 1863 m. sukilimo, prie kurio, matyti, aktyviai ruošėsi ir daktaras J. L. Petkevičius. Kažkurios lenkų sukilėlių gaujos įskųstas, jis buvo suimtas ir per penkias dienas tardomas, nuo gresiančio sušaudymo išgelbėjo kiti tos pat gaujos dalyviai, kurie už jį užtarė ir tuo būdu apgynė nuo gresiančio pavojaus.
Išvengęs mirties, L. Petkevičius su šeima 1865 m. persikelia gyventi į Joniškėlį. Čia eina Karpių ligoninės vedėjo pareigas, lanko ligonius namuose, rūpinasi savo gausia šeima. Joniškėlyje išgyvena 37 metus ir sulaukęs 67-rių grįžta į gimtąjį Puziniškio dvarą, toliau verčiasi gydytojo praktika. Paklaustas apie atvykimo į Joniškėlį tikslą, dažnai atsakydavo: ,,Nedirbu aš činams (ponams), nedirbu turtams krauti. Dirbu savo krašto naudai, o Joniškėlis yra ta placowka (vieta), kur galima daugiau nuveikti negu kur kitur ir dirbant nei bado, nei vargo nepatirti“.
1870 m. mirė gydytojo Leono žmona Malvina, palikusi šešis mažus vaikus. Jais rūpinosi teta, antroji tėvo sesuo Regina. Po žmonos mirties gyd. Petkevičius metė rūkęs, daug dirbo, neretai miegodavo ne daugiau kaip 3 valandas. Su savo vaikais – Gabriele, Vladislovu, Jonu, Petru, Judita, Leonu tėvas iš pat mažens stengėsi kalbėti lietuviškai, mokė ir lenkų kalbos. Visi sūnūs, prieš stodami į gimnaziją, privalėjo išeiti Joniškėlio pradžios mokyklos kursą. Vaikams dažnai primindavo, kad ,,jei norite inteligento vardą užsitarnauti, turite būti liaudžiai švyturiais. Kitaip jūsų mokslas bus tik brangus bereikalingas žaislas. Inteligentas neturi savo likimo skirti nuo liaudies likimo“.