1938 metais dr.V. Natkevičius susirgo akmenlige, dvi savaites gulėjo ligoninėje. Sustiprėjus sveikatai, ketino 3 savaitėms vykti į Vitel kurortą. Pasiuntinybės vadovas P. Klimas laiške guodėsi URM pareigūnui K. Bizauskui, kad gal reikėtų dr.Natkevičių perkelti į Briuselį, užmokėti jam už visas gydymosi ir poilsio atostogas, o vietoje jo paskirti naują sekretorių. Rašė, kad dirbti be sekretoriau jam sunku, ,,nes dr.Natkevičius ir taip dar buvo užsiėmęs Parodos reikalais… Prancūzijoje pragyvenimas labai brangus, p. Natkevičius priverstas papildomai imti avansą, kad galėtų pragyventi…“ .
Tačiau URM numatė kitą žaidimo partiją. 1939 m. balandžio mėnesįV.Natkevičius buvo paskirtas atlikti diplomatinę misiją Maskvoje – pakeitė diplomatą Jurgį Baltrušaitį. 1939 – 1940 m. dr. V. Natkevičius ėjo labai atsakingas pareigas Maskvoje – jam buvo suteiktas ambasadoriaus, Lietuvos nepaprastojo pasiuntinio ir įgaliotojo ministro titulas ( 17– 18 kategorija).
Ar dr. V. Natkevičius nujautė, kad nuo pirmos darbo dienos Maskvoje bus sekamas NKVD agentų, ypač stropių agentų ,,Elena“ ir ,,Motorist“? O agentai kiekvieną dieną fiksavo dr. V. Natkevičiaus žingsnius ir atokvėpius, susitikimus su diplomatais ir kt. Kartą agentas pažymoje įrašė, kad automobilyje dr.V. Natkevičius su diplomatu kalbėjęs prancūziškai, o jis nesupratęs apie ką jie kalbasi.